Delavnica ENSEMBL 2013

Slovensko genetsko društvo vas vabi na

dvodnevno delavnico za učenje uporabe baz podatkov
in bioinformacijskih orodij ENSEMBL

ki jo organiziramo v sodelovanju z EMBL-European Bioinformatics Institute Wellcome Trust Genome Campus (Velika Britanija).

Delavnica bo potekala v sredo in četrtek, 19. in 20. junija 2013 na Biotehniški fakulteti, Oddelek za agronomijo, v računalniški učilnici (Jamnikarjeva 101).

Za člane SGD je udeležba brezplačna, za nečlane kotizacija znaša 25 EUR.

Delavnica bo potekala v angleščini. Vodila jo bosta Bert Overduin in Denise Rejane de Carvalho e Silva.

 

Predvidena vsebina delavnice:
(1) Introduction to Ensembl: origin, goals and organization of the Ensembl project

(2) Worked example: guided tour of the most important pages of the Ensembl website

(3) Data mining with BioMart: retrieving complex / large datasets using the data mining tool BioMart

(4) The Ensembl genebuild: how are Ensembl gene and transcripts predictions made?

(5) Comparative genomics: orthologues and paralogues, protein families, whole genome alignments
and syntenic regions

(6) Variation: SNPs, structural variants

(7) Advanced access: other ways of accessing Ensembl data (ftp, MySQL, Perl API) (no hands-on)

(8) Custom annotation: displaying your own data in Ensembl

 

Ker je delavnica omejena na število prostih računalnikov v učilnici priporočamo čim hitrejšo prijavo na e-naslov: tanja.kunej@bf.uni-lj.si. Več podrobnosti in gradiva bodo udeleženci tečaja prejeli nekaj dni pred delavnico, da se lahko nanjo bolje pripravijo.

Vse udeležence prosimo, da izpolnijo registracijo in vprašalnik na  spletni strani http://www.surveymonkey.com/s/XGG37GH.

Točen program delavnice je objavljen v spodnji priponki.